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胶质瘤分子病理诊断中国专家共识(2025版)

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胶质瘤是一组具有星形细胞、少突胶质细胞及室管膜细胞表型特征的神经上皮肿瘤总称,是中枢神经系统最常见的原发性肿瘤,WHO第5版中枢神经系统肿瘤分类发布以来,分子检测已成为病理整合诊断不可或缺的组成内容。但目前胶质瘤分子病理指标和检测规范尚无统一认识。中华医学会病理学分会脑神经病理学组结合国内外研究进展及实践经验,就重要分子指标、诊断流程、技术优劣及检测路径进行讨论,讨论形成胶质瘤分子病理诊断的13条专家共识,为规范合理地开展胶质瘤分子检测提供参考,更加适合中国临床实践。


驱动胶质母细胞瘤发病机制的基因改变

一、胶质瘤中具有诊断价值的基因和染色体改变

主要为:IDH1/2 基因突变、染色体1p/19q共缺失、端粒酶逆转录酶(telomerase reverse transcriptase,TERT)基因启动子突变、CDKN2A/2B基因纯合性缺失、表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)基因变异、ATRX基因变异、全第7号染色体获得/全第10号染色体丢失、MYB或MYBL1基因变异、BRAF基因变异、FGFR1/2/3基因变异、H3 K27突变、H3 G34突变、受体酪氨酸激酶(RTK)家族基因融合、PRKCA基因变异、MN1基因变异、TP53基因突变、ZFTA基因融合、YAP1基因融合、MGMT基因启动子甲基化


胶质瘤的临床和分子分级

具体的内容可以点击查看上一篇推文:

二、整合病理诊断流程图

成人型弥漫性胶质瘤、儿童型弥漫性胶质瘤、局限性星形细胞胶质瘤及室管膜肿瘤整合病理诊断的推荐流程分别如图1~4所示。

图1成人型弥漫性胶质瘤整合病理诊断流程


图2 儿童型弥漫性胶质瘤整合病理诊断流程


图3 局限性星形细胞胶质瘤整合病理诊断流程


图4 室管膜肿瘤整合病理诊断流程


三、胶质瘤分子检测试剂的规范化管理

基于《体外诊断试剂分类规则》及《体外诊断试剂注册与备案管理办法》相关规定,分子检测技术所使用的试剂应按照体外诊断试剂(in vitro diagnostic reagent)在市级药品监督管理部门进行备案管理,或由国家药品监督管理局(National Medical Products Administration,NMPA)审查进行注册管理。目前国内免疫组织化学抗体、FISH探针及IDH1/TERT/BRAF基因突变检测试剂具备备案证或注册证,其余检测技术如二代测序、DNA甲基化谱尚无获证产品。

共识1:按照国家医疗器械管理规定,分子检测项目应优先使用具有医疗器械注册证或进行备案的试剂。在国内尚无同品种产品上市的体外诊断试剂时,可以通过实验室自建项目(LDT)在本单位由医师指导下开展(推荐等级:强烈推荐)。



表1 胶质瘤常用的分子检测指标

注:a各分子检测指标的详细内容以2021年中枢神经系统瘤WHO分类第5版的相应描述为准

四、胶质瘤分子检测的常用技术

1. 免疫组织化学标记技术

Part.1

免疫组织化学通过GFAP、Olig2等抗体组合,对于确定肿瘤起源具有重要意义;一些检测关键突变蛋白的抗体(如IDH1 R132H、BRAF V600E、H3 K27M、H3 G34R、H3 G34V等)对特定肿瘤类型的诊断具有关键提示作用。一些基因突变或融合可使其编码蛋白表达缺失(ATRX阴性)、异常蓄积(p53强阳性)、甲基化障碍(H3 K27me3阴性)或过表达(p65阳性),可作为分型诊断的重要或辅助标准之一。应注意设置阳性和阴性对照,可借助内皮细胞等作为内部阳性对照。突变型抗体的阴性结果需要考虑到非经典突变的可能。当出现免疫组织化学指标不典型时(H3K27me3瘤内异质性、GFAP/Olig2表达缺失等),需要注意结合其他技术综合评估。

共识2:特异性抗体组合可用于初筛,目前除组织学特征+IDH1 R132H突变抗体检测阳性可直接诊断成人型IDH1突变型弥漫性胶质瘤外(同时有ATRX表达缺失诊断更可靠),其他特征性指标建议结合其他分子检测技术进行进一步复核(推荐等级:强烈推荐)。

2. 荧光聚合酶链反应技术

Part.1

在荧光聚合酶链反应(fluorescent polymerase chain reaction,FPCR)技术中,目前在胶质瘤应用比较广泛的主要是检测已知突变位点的扩增阻滞突变系统PCR(amplification refractory mutation system PCR,ARMS-PCR)和检测甲基化状态的定量甲基化特异性PCR(quantitative methylation specific PCR)。其检测灵敏度好,适用于多数机构开展,可用于部分免疫组织化学结果的验证。但应注意PCR技术可能存在漏检罕见位点的可能,如IDH1的其他突变形式及IDH2突变,注意结合其他指标综合诊断。MGMT基因启动子甲基化是应用替莫唑胺的伴随诊断标志物,建议优先使用具有三类医疗器械注册证的检测试剂盒进行检测以指导临床决策。

共识3:基于PCR技术的检测平台建议用于具有明确热点突变的基因(IDH1/IDH2/TERT/BRAF)和MGMT启动子甲基化状态的检测,优先使用获NMPA批准的试剂盒进行检测(推荐等级:强烈推荐)。

3. FISH技术

Part.1

FISH通过将荧光素标记的核酸探针与待测组织切片中核酸序列杂交,在荧光显微镜下进行相对定量及定位观察,可以用于基因扩增、缺失、断裂的判断,也可用于粗略评估染色体臂状态。虽然检测指标单一,但时效性较好,是分子病理最常用的技术之一。

共识4:基于FISH平台的染色体1p/19q共缺失、EGFR基因扩增、CDKN2A/2B基因纯合性缺失、BRAF基因融合检测可用于辅助病理诊断和WHO级别的判断。但应注意荧光探针的局限性,与组织病理特征不符时应使用其他平台进行验证(推荐等级:强烈推荐)。

4. Sanger测序技术

Part.1

Sanger测序即一代测序,是一种经典的测序技术,利用标记的ddNTP(双脱氧三磷酸核苷)中断DNA延长,通过毛细管电泳确定碱基序列。通过不同的引物,可以灵活检测感兴趣的核酸序列,并且确定具体突变序列。同时对于二代测序发现的致病性种系变异,基于Sanger测序的家系验证也是较为经济实惠的检测策略。

共识5:Sanger测序技术可用于IDH1/2、TERT、BRAF等基因热点区域突变检测及免疫组织化学结果复核,应注意肿瘤细胞比例较低导致的假阴性(推荐等级:强烈推荐)。

5. 下一代测序技术

Part.1

通常称二代测序技术,也称为高通量测序技术,可以一次性检测多个样本的多种基因变异。基于DNA的二代测序常用于单核苷酸变异(SNV)及小片段插入/缺失(Indels)的检测,也可以通过覆盖融合变异的断裂点区域,从而实现融合变异的检测;基因的拷贝数变异可以基于生物信息分析算法进行判断,通过增加染色体骨架探针覆盖,对染色体层面的变异(如染色体1p/19q共缺失、全第7号染色体获得、全第10号染色体缺失等)也可以进行较为准确地评估,同时还可发现重要基因的双等位(biallelic)状态;单肿瘤样本借助生物信息分析算法可以评估潜在的致病性/可能致病性种系变异。

共识6:基于DNA二代测序技术可以检测胶质瘤相关驱动性基因变异、基因拷贝数变异及染色体状态;基于RNA二代测序检测对于融合变异检出效能更高;DNA+RNA联合检测需要至少覆盖WHO中枢神经系统肿瘤分类中所涉及的体系/种系驱动性基因变异、融合、染色体及微卫星不稳定性状态(推荐等级:强烈推荐)。

6. DNA甲基化谱技术

Part.1

DNA甲基化谱技术是通过DNA甲基化芯片检测待测样本中90万个以上的甲基化位点状态,再使用随机森林或t-SNE(t-distributed Stochastic Neighbor Embedding)聚类等机器学习算法,评估该样本与既往明确病理诊断样本在DNA甲基化谱上的相似性。在本共识所纳入的27种胶质瘤中,除了青少年多形性低级别神经上皮肿瘤、具有MAPK通路变异的儿童型弥漫性低级别胶质瘤等少数肿瘤分类外,多数肿瘤分类将DNA甲基化谱特征纳入必要或理想诊断标准。


肿瘤早筛甲基化检测流程

DNA甲基化谱同时可以评估染色体和特定基因的拷贝数变异及MGMT基因启动子的甲基化状态,对于特定融合变异(如BRAF-KIAA1549、FGFR3-TACC3等)具有一定提示作用。肿瘤细胞比例对DNA甲基化谱分类的准确性影响较大,推荐肿瘤细胞比例需大于70%(发生错误分类概率较低);瘤组织中存在大量炎性细胞成分和低级别胶质瘤较易出现错误分类;对于修正评分(随机森林法)小于0.9及与参考集未完全重叠(t-SNE)的病例应谨慎诊断。

共识7:DNA甲基化谱技术是大多数胶质瘤分类的必要或理想诊断标准,可同时进行基因及染色体拷贝数变异评估,应由熟悉DNA甲基化谱技术的病理医师结合组织学特征和/或分子信息对结果进行解释(推荐等级:强烈推荐)。

五、胶质瘤分子检测推荐路径

在检测平台完备的机构推荐使用免疫组织化学套餐进行初筛,对于有提示诊断方向的阳性指标,或考虑成人型弥漫性胶质瘤患者,进一步利用常规分子病理平台(PCR/FISH/Sanger测序)进行复验;对于初筛无提示诊断,可以通过二代测序或者DNA甲基化谱技术进一步明确诊断。二代测序应优先应用于未将DNA甲基化谱纳入诊断标准的肿瘤(如青少年多形性低级别神经上皮肿瘤)及具有潜在靶向治疗机会的肿瘤(如婴儿型大脑半球胶质瘤);DNA甲基化谱技术应优先用于将DNA甲基化谱特征纳入必要诊断标准的肿瘤分类;对于依旧无法明确诊断的特殊疑难病例可使用另一种方法验证。

共识8:优先使用免疫组织化学指标进行初筛,再结合患者年龄、肿瘤部位、组织学形态、免疫组织化学指标,有诊断方向的优先使用常规分子病理平台进行复验,综合选用二代测序或DNA甲基化谱技术进一步明确,对于疑难病例有条件单位可进行二代测序+DNA甲基化谱联合检测(推荐等级:强烈推荐)。

六、临床实践中的注意事项

1. 肿瘤细胞比例评估

不同的检测方法对基因突变频率的灵敏度不同,故不同的检测方法要求的肿瘤细胞比例也有所不同。对于PCR及二代测序,推荐肿瘤细胞占比≥20%;Sanger测序推荐肿瘤细胞占比≥30%;对于DNA甲基化谱检测,推荐肿瘤细胞占比≥70%。当肿瘤细胞比例不足时,应对肿瘤细胞进行富集,尽可能避免出血和坏死区域;若无法富集,应及时与患者和送检医师沟通是否继续检测,并在报告中注明相关情况。

共识9:不同技术对于肿瘤细胞比例要求不同,进行分子检测前需由病理医师评估肿瘤细胞比例,对于存在检测失败风险的病例应及时与患者及送检医师沟通(推荐等级:强烈推荐)。

2. 核酸质控

核酸质量对检测结果的准确性至关重要,推荐优先应用NMPA批准或备案的核酸提取试剂盒对样本进行核酸提取。提取完成后需对核酸质量进行评估,包括核酸浓度、总量和纯度;对于进行二代测序和DNA甲基化谱检测的核酸样本,还需进行DNA片段大小或降解程度的评估。若提取的核酸不符合质控标准,应重新进行核酸提取并再次评估;若依旧不合格,应及时与患者和送检医师沟通是否继续检测,并在报告中注明质控情况及检测结果的局限性。

3. 检测报告

检测报告的可读性和涵盖内容可能直接影响病理诊断结果。检测报告应包括患者及样本信息、肿瘤细胞比例、检测结果、技术方法及方法局限性,由病理医师审核后签发,需强调的内容可以通过备注形式体现。二代测序检测报告应在技术方法处描述测序目标区域大小(panel size),同时报告下机数据量、Q30、平均测序深度、有效测序深度、测序均一性等核心质控数据。

共识10:不同检测技术对于同一指标的结论可能存在不一致性,不一致病例建议使用第三种方法进行验证后方能诊断(推荐等级:强烈推荐)。

共识11:二代测序及DNA甲基化谱报告应包括检测结果、基因拷贝数变异、染色体变异、检测范围及核心质控数据等内容,多组学整合报告应形成综合性的整合结论(推荐等级:强烈推荐)。

4. DNA甲基化谱临床实践

按照《中华人民共和国人类遗传资源管理条例》,数据分析需在国内完成,但国内尚缺乏标准统一的聚类算法及参考集,这就要求国内开展DNA甲基化谱检测需自行建立参考病例集及聚类分析算法,并按照国家医疗器械管理规定进行性能确认;单次8个样本的上样要求对于非脑肿瘤专科医院的报告时效性提出更高要求,而建立区域检测中心可能是解决方案之一。

共识12:鼓励建立中国人群中枢神经系统肿瘤DNA甲基化数据库和标准聚类算法,规范临床应用(推荐等级:强烈推荐)。

5. 种系变异

基于肿瘤单样本的DNA二代测序检测可以发现潜在的致病性/可能致病性的种系变异。一项儿童高级别肿瘤的回顾性研究发现近10%的患者存在致病性/可能致病性的种系变异,对于有肿瘤家族史的患者可以通过一代测序技术或多重连接探针扩增技术(multiplex ligation-dependent probe amplification, MLPA)在外周血白细胞样本中验证在肿瘤样本中发现的可疑种系突变,阳性病例应进一步接受遗传咨询及家系分析。

共识13:进行DNA二代测序检测时应加入白细胞对照,以发现致病性或可能致病性的种系变异(推荐等级:强烈推荐)。


胶质母细胞瘤中失调的分子信号通路和串扰

分子技术的迅猛发展,为胶质瘤的精准诊治提供了新的手段,也对神经病理医师提出了更高的要求,在掌握组织学形态及免疫组织化学特征时,也需要熟悉分子病理指标的意义及技术局限性。DNA甲基化谱的临床应用为我们发现新的肿瘤分型提供了新技术;单细胞组学、空间组学等技术的快速迭代,也为我们在单细胞层面上认识肿瘤内部结构提供了海量信息,其检测成本的不断下降,让我们看到未来临床应用的曙光。

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来 源:基因智汇圈

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