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监测预警基础35-采用Prophet预测手足口病周发病数

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系列简介

这是我们一系列原创技术贴,从易到难,每天学习一点。所有内容均为疾控数据分析、科研论文相关,或者说很多和现在的热门监测预警相关,所以我们这个系列就叫“监测预警基础”。

今天是第35节,我们今天讲一下Prophet模型的具体步骤。

如有不当之处,欢迎留言讨论。

我们用模拟的手足口病真实监测数据走一遍完整流程,

数据为 2024-2025 年周病例数,目的是预测 2026 年前 20周每周病例数。


该模型需要借助R来运行,关于R我们之前没有单独讲过,一个直接原因就是没必要,高水平咱达不到,但是会用AI写代码然后复制粘贴是现在大家都会的,这就够了。

后续如果有需要,带着大家一起学习新一代IDE——Positron,如果由此需求,欢迎大家留言反馈!

第1步:数据格式

Prophet 只认两列:ds(日期,必须是 Date 类型)和y(病例数,数值型)。所以要先把数据改为这种格式。

第2步:定义春节等节点

这一步主要是定义节假日项,这也是Prophet 模型的优势所在:

)

第3步:初始化模型

)

第4步:拟合和预测

forecast <- predict(m, future)

第5步:结果解读

模型自动输出三件套:

yhat:预测病例数

yhat_lower /yhat_upper:95% 置信区间,上限可直接作为预警阈值

组件分解图:趋势、年季节性、春节效应各自长什么样

比如一下就是跑出来的趋势图,黑色点事实际病例数,蓝色线是拟合值和预测值,蓝色边界是可信区间。


实质上,如果我们采用滚动数据预测,用过去最新的最近的52周的数据来预测接下来的4周,就会更加准确。监测数据每周都在变,模型每月至少重新训练一次,别让去年的规律绑架今年的判断。


以下是R语言完整详细步骤和讲解,我的原始数据是大疫情网导出来的周数据,所以需要转换,以下完整步骤也包括了这一过程。

仅供参考:

cat("==========================================\n")



编辑:普通疾控人 | 审核:诗酒趁年华

文章来源 | 原创

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