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固相SNP芯片与靶向捕获测序(俗称"液相芯片")是分子育种的重要工具,但这两个技术平台有一个共同的短板:无法检测长片段SSR。这意味着育种家手中大量经过验证的、与育种性状密切相关的SSR位点,无法直接利用。
育种"微"芯片,专为解决这个问题而来。
一次检测,同步检出 SSR / SNP / InDel
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SSR :育种家的"传家宝"
SSR(简单重复序列)是作物品种鉴定和纯度检测的“国标”标记。
水稻、玉米、小麦、大豆、油菜……几乎每一个主要作物的品种真实性鉴定标准,都建立在 SSR 之上。多年来,育种家手里积累了大量经过验证的 SSR 位点,每一对引物背后,都是实实在在的选育经验和历史数据。
问题在于,SSR 是长度多态/有无条带,而不是单碱基多态。无论是固相SNP芯片,还是常规的靶向捕获测序,都无法直接检测。这一短板,让许多"老位点"只能继续依赖电泳、毛细管等低通量手段逐位点检测。
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什么是“微”芯片
育种"微"芯片是一种能够同时检测 SSR、SNP 和 InDel 三类标记的检测“芯片”,检测位点数量在 100 个以内。
和大家熟悉的普通育种芯片相比:
普通育种芯片
育种“微”芯片
位点数量
1K~100K
≤100
SNP/InDel
可以检测
可以检测
SSR
无法完整检出
完美检测
典型用途
全基因组选择、群体分析
品种鉴定、纯度检测、功能标记、前景选择、育种材料选择
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图1 普通育种芯片与育种“微”芯片对比示意
“微”芯片是面向育种用户,把育种日常中真正高频使用的十几个或几十个位点——特别是 SSR/InDel——用高通量方式一次性检完。
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多位点聚合:一次实验,三类标记
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老位点直接用
育种家过去开发、验证过的 SSR 引物,不需要重新设计,直接提供引物序列即可加入"微"芯片。SNP 和 InDel 位点同样可以一并放入。
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一次实验,
三类标记
一个样本一份数据,同时得到 SSR、SNP 和 InDel 的基因型,不需要单个位点的检测,尽可能的减少工作量。
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免费开发
“微”芯片的定制开发全程免费。
用户提供现有育种标记引物序列信息(SSR、SNP、InDel );
我们一周内完成设计、合成与验证;
后续检测10元/样本起,一周出结果。
每一位育种家,都会拥有一款只属于自己的“微”芯片。
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适合谁
专为这类育种团队设计
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手里有一批成熟 SSR/SNP/InDel 位点,希望提高检测效率,降低检测成本,替代电泳、毛细管、KASP等单个位点检测方式;
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需要在同一批样本上同时看 SSR 与 SNP/InDel 的用户;
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位点数量不多,但样本量大、追求低成本和短周期的中小型育种团队。
如果您手中有想"搬上芯片"的位点,欢迎联系我们,我们将为您评估并启动免费定制开发。
让好位点不再束之高阁,让每一次检测更省时、更省钱。
产品服务丨品种侵权、种子混杂怎么查?
产品服务丨候选区间太大,标记开发太慢?
种质资源丨一键检索新突变体
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天成未来是国内最早将靶向捕获测序技术应用于农业科学研究的企业之一,拥有超大规模的动植物基因组大数据库。以数据与计算为基础,提供分子育种检测、种质资源鉴定、突变体库数字化、功能基因组及生信分析服务,并自主开发了系列育种芯片与数据云平台。
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Tcuni 天成未来
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