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Colossal 推出 AI 平台 GenoMorph,助力加快复活灭绝物种研究

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10月15日消息,据 TechCrunch 报道,Colossal Biosciences 于当地时间周三发布了一款全新人工智能平台,助力加快复活灭绝物种的相关研究。

据了解,这款名为 GenoMorph 的平台结合先进三维形态学、比较基因组学与发育生物学技术,在基因数据有限的复活项目中,筛选出可用于基因编辑的目标基因。该公司正借助这个平台推进渡渡鸟复活计划,而渡渡鸟可用的基因组资料十分匮乏。

举例来说,公司在猛犸象复活项目中获取了 100 份基因组样本,但渡渡鸟项目仅有一份基因组可用。公司表示,猛犸象生存的寒冷环境更利于保存 DNA,而渡渡鸟栖息在热带地区,因此留存下来的猛犸象 DNA 更为丰富。

Colossal Biosciences 首席执行官、联合创始人本 · 拉姆(Ben Lamm)在接受采访时表示:“通常科学家可以比对大量基因组,以此找出决定特定性状的基因差异。但对于灭绝物种的古 DNA,我们没有这样的条件,这类物种的 DNA 存量极少,只能得到少量完整基因组。”

拉姆介绍,为搭建 GenoMorph 平台,团队收集了大量来自鸡、鹌鹑、鸭和鸽子的发育数据,并整合了 70 多种鸟类的遗传信息以及颅骨三维测量数据。该平台历时一年多开发完成,同时依托公司多年在灭绝物种复活领域积累的研究成果。

“这套 AI 能够学习鸟类在喙与面部结构发育过程中,哪些 DNA 片段处于激活状态,并利用这些信息预测,是哪些基因调控机制造就了渡渡鸟标志性的外形。”他把这个平台比作“渡渡鸟基因组藏宝图”:团队不再需要排查海量潜在基因差异,GenoMorph 可以直接筛选出真正关键的基因变异位点。

他接着说:“目前我们已经找到大约 2300 个有望用于渡渡鸟颅面部形态改造的 DNA 编辑靶点,接下来可以在实验室开展验证。”拉姆表示,GenoMorph 将帮助公司攻克复活动物研究里最大的瓶颈之一:找出究竟是哪些基因变化,造就了灭绝物种独有的特征。不过科学家还需要验证,这些编辑操作能否培育出目标外形特征。

“我们研发了一套新系统,利用脂质纳米颗粒把基因编辑工具直接送入正在发育的鸟类胚胎。”这套方案可以让团队观察特定基因改动会如何影响鸟类发育,“不必等待鸟类完成整个繁育周期直至性成熟。”

公司在周三同时公布,目前尼科巴鸠种群已经达到 36 只,并且已经成功培育出能够发育成卵子和精子的关键细胞。

“尼科巴鸠是渡渡鸟现存亲缘关系最近的物种,这些细胞是我们培育带有渡渡鸟性状个体的核心环节。”他说,下一步团队计划在实验室验证 GenoMorph 给出的预测结果。拉姆继续说道:“最令人振奋的是,我们研发的各项技术正在逐步融合,还能为生命演化树上其他完全不同类群的研究项目提供支持。”

被问及这类基因编辑是否安全时,拉姆称,开发 GenoMorph 这类技术的目的,就是让基因工程“更精准、可控、可检验”。该平台本身并不执行基因编辑操作,只是帮助研究团队筛选值得深入研究的基因改动方案。

“找到潜在编辑靶点,并不代表我们会立刻把它植入动物体内,也不等于默认它是安全的。”他补充道,“我们对这些基因改动识别和验证得越精准,整个研究过程中的决策就越可靠。”

与此同时,Colossal Biosciences 的这项新技术已经得到 XPRIZE 创始人彼得 · 戴曼迪斯(Peter Diamandis)的认可。身为 Colossal Biosciences 投资方的戴曼迪斯,在周三宣布成立新风险投资机构 NeoGenesis Capital,专门扶持那些运用 Colossal Biosciences 可编程生物平台、布局医疗、农业与物种保护领域的企业。

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