终于整理好了！群体遗传进化+GWAS分析代码、软件、笔记都在这里了

群体研究通常包含遗传进化和GWAS，分析条目众多，网上四处找资料浪费时间，不如抽3天时间一次搞定！

跟着组学大讲堂，通过科学、系统的学习，你也可以掌握群体测序数据的自主分析！组学大讲堂将举办《群体重测序遗传进化+GWAS分析实操》直播培训（范例数据、代码、分析用镜像永久免费，赠送3个月云服务器，2年超长售后），手把手教你群体研究数据分析，攻克核心分析技术，助力你高效发文章！

开班时间：2026年8月20日-8月23日，3天

上课方式：组学大讲堂网校直播

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课程优势及内容

组学大讲堂是国内领先的生物信息培训机构，已培训学员超100000人。本课程有如下优势：

优势1：内容全面：涵盖一区、二区文章常用分析条目，一课掌握核心技能

优势2：零基础友好：针对初学者设计，数据整理完善后，复制粘贴即可分析

优势3：分析不挑设备：采用docker虚拟机教学（国内首创），无需安装软件，好学好用

优势4：电脑要求低：云服务器教学，指令发送由服务器处理，个人电脑可正常办公

优势5：售后无忧：2年超长时间售后答疑，学习全程无忧

优势6：图表颜值高：紧跟文献最新趋势，使用最新R包绘图，生成高颜值、信息量丰富的图表，直接用于文章撰写

课程内容：

内容可向下滑动

第一节：群体研究分析文献解读

1. 最新重测序、群体遗传进化、GWAS文章分析思路解析

2. 主要研究结果解读

3. 可视化结果解析（常见的图表类型，如PCA图、系统发育树、曼哈顿图等解读）

第二节：linux系统操作基础+docker工具介绍与使用

1. Linux系统简介

2. 目录结构与基础命令（cd, ls, mkdir, rm, chmod）

3. 文件操作与文本处理（grep, awk, sed, less, vim）

4. 掌握脚本(R/perl/python)，各种命令行工具使用以及任务管理

5. 认识docker，了解镜像、容器等概念

6. 熟悉docker镜像的使用及容器管理

7. 分析环境搭建

第三节：重测序基础分析讲解

1. 重测序数据质控（fastqc质控、fastp对原始序列进行去接头，删除低质量的reads等）

2. 参考基因组比对（bwa、samtools等工具的使用）

3. 使用picard工具对bam文件排序，去重

4. 比对结果质控（包括比对率分析，插入片段检验，测序深度与覆盖度统计）

5. 使用GATK进行变异（SNP/INDEL）检测（包含两种方法：针对少量样本直接生成vcf文件；多样本先生成GVCF，再合并）

6. 变异结果质控过滤，去掉低质量变异结果（包括GATK hard-filtering；vcfutils过滤INDEL附近SNP位点；vcftools过滤MAF值、缺失率、位点测序深度、质量值等）

7. ANNOVAR变异结果注释

8. 变异结果统计与绘图展示（包括样本中各类型SNP/INDEL数量，及统计SNP/INDEL在染色体上的密度分布）

第四节：群体遗传进化分析讲解

1. 群体结构分析-进化树分析（FastTree、iqtree2、RAxML等多种工具构建进化树）

2. 群体结构分析-主成分分析（plink分析PCA）

3. 群体结构分析-STRUCTURE分析（admixture分析群体结构）

4. 连锁不平衡分析（LDdecay）

5. 群体选择消除分析（基于多样性降低方法：FST、PI、ROD；基于频谱差异方法：XP-CLR、tajima'D，及多种结果可视化效果：曼哈顿图、散点图、竖线图）

6. 筛选受选择区域基因

7. 种群历史动态分析（PSMC）及结果可视化

第五节：GWAS关联分析讲解

1. 性状数据分析（包括性状数据格式整理、多年多点数据BLUP计算、去除性状数据中的离群值）

2. 基因型填充（针对测序深度较低，缺失率较高的数据）

3. GWAS关联分析的模型简介（BLINK、FarmCPU、MLMM、SUPER、ECMLM、CMLM、MLM、GLM等）

4. 用不同的软件、模型进行GWAS关联分析（tassel、gapit、emmax、gemma等）

5. GWAS关联分析结果的manhattan、QQ图绘制

6. GWAS显著性位点筛选（根据Bonferroni方法确定p-value校正阈值）

7. GWAS关联区域获取（显著性位点上下游区域获取）

8. 筛选关联区域内基因

9. GWAS关联区域LD连锁热图绘制、解读

10. GWAS关联结果较少的原因分析

本期课表：

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常见问题解答

1. 集中3天培训是否可以学完这么多内容？

答：经过多年课程优化，尽量合并操作环节，分析代码已经封装好，整理好数据，复制粘贴即可分析自己的数据，大大降低了分析难度，4天完全可以学完以上分析内容。

2. 培训后提供回放吗？

答：培训结束，不是学习的结束，课后可以获得对应线上录播视频课程，两年内不限次观看。分析所用软件、代码、课件、笔记均会提供，另外赠送组学大讲堂云服务器3个月的使用权限，学员课后仍可方便的进行练习。

3. 培训的时候是在云服务器上，如果换了设备，分析步骤还一样吗？

答：组学大讲堂培训采用先进的docker虚拟机，无论在什么设备上，凡是使用我们提供的镜像，均可保持一致的操作环境，真正做到怎么学就怎么用。

4. 能否提供发票？

答：由北京组学生物科技有限公司提供正规发票。

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培训时间、地点及费用

举办时间：2026年8月5日-8月8日（3天线上直播+2年不限次数回放）

上课方式：组学大讲堂网校直播

培训费用：3480元/人，限时优惠2980元/人

优惠信息：

① 团报优惠：2人及以上同时报名，额外优惠200元/人

②赠送价值700元组学大讲堂云服务器3个月使用权

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报名方式

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任意报两门课仅需4999元，三门课6499元，四门课7499元

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