1973年，他到总后勤任职，因在一些事情上与个别领导存在分歧，后被调离

这个岗位看似掌管军队后勤，实际上牵连干部、装备、财务、供应等诸多方面。尤其经历特殊年代后，总后勤部内部遗留的问题不少，干部之间的隔阂也没有完全消除。郭林祥重新回到重要领导岗位，面对的考验并不比前线作战轻松。

郭林祥曾长期在军队政治工作系统任职，后来受到冲击，离开领导岗位达5年之久。1973年，他被任命为总后勤部政治委员。与他搭班子的部长是张宗逊。张宗逊是红军时期的老将，长期担任总参谋部副总参谋长，后来也经历过职务变化。两人组成的新班子，承担着整顿总后、恢复秩序的任务。

刚到任时，郭林祥没有急着表态，更没有简单地站到某一方身后。他花了大量时间找干部谈话，白天谈，晚上也谈。有人讲述自己在运动中受到的委屈，有人要求重新审查结论，也有人小心观察这位新政委究竟支持谁。

这种观察并非没有原因。总后勤部长期存在派性纠葛，一些干部把历史问题、工作矛盾和个人恩怨混在一起，谁若处理不慎，就可能被认为“站队”。有人甚至对郭林祥说：“郭政委，您也受过冲击，应该站在我们这边。”

郭林祥没有顺着这句话往下说。他强调，眼前的任务不是重新划分阵营，而是分清是非、落实政策、加强团结。这个回答看起来平实，实际却很有分量。因为在当时的环境中，任何带有明显倾向性的处理，都可能使原有矛盾进一步扩大。

总后勤部的问题，集中体现在干部政策没有完全落实。根据有关材料，邱会作主持总后勤部工作多年，尤其在特殊年代，许多干部受到审查和冲击。总后党委原有常委中，有多人被立案审查，军级干部也有相当一部分被排斥在正常工作之外。大量案件堆积在那里，牵涉人员众多，处理起来自然困难。

有意思的是，真正棘手的地方并不只是“查不查”，而是“怎样查”。有的干部确实存在思想、工作或作风问题，但这类问题与被错误打倒，性质并不相同。若把所有曾被打倒的人都认定为“有问题”，就等于把历史结论再次简单化。

郭林祥和多数同志坚持实事求是，主张把不同性质的问题区别开来。该平反的平反，该恢复工作的恢复；有缺点的干部，也应当按照具体情况处理，不能因为曾经被打倒，就永远背着一个没有说清楚的包袱。

但在这个问题上，领导班子内部并非没有分歧。个别人认为，凡是过去被处理过的干部，都应当先把问题彻底查清，一件一件慢慢办。表面上看，这是谨慎；可总后勤部积案太多，如果完全按照这种办法推进，许多干部很可能长期等不到结论。

郭林祥对此并不赞成。他认为，政策落实不能无限期拖延，尤其不能用“尾巴没有清理干净”作为迟迟不解放干部的理由。处理历史问题当然需要证据，但也不能把谨慎变成拖延，更不能让干部在长期等待中继续承受实际上的否定。

1974年，批林批孔运动展开后，军队受到的干扰明显加重。总后勤部刚刚开始恢复秩序，新的政治风波又冲了进来。大字报重新出现，会议增多，原本已经缓和的矛盾再次被激活，部分人借机攻击党委和领导干部。

更复杂的是，曾有人绕开总后党委常委，以个人名义直接向中央有关领导请示总后勤部如何开展运动。这种做法打破了正常的组织程序，也使总后领导班子陷入被动。对于军队系统而言，重大事项绕过党委集体研究，并不是普通的意见不同，而是组织原则上的问题。

据有关回忆，当时“四人帮”方面甚至提出过“越乱越好”的说法，认为只有局面混乱，问题才会暴露。这种思路与郭林祥等人试图恢复工作秩序、解决干部问题的做法显然相冲突。一个希望尽快把事情理顺，一个却把混乱看成可以利用的手段，分歧也就越来越明显。

郭林祥在总后勤部任职时间不到两年，却碰上了批林批孔、干部解放和党委工作秩序等多重矛盾。他所坚持的，不是对某个个人的维护，而是对组织程序和干部政策的维护。不得不说，这种处理方式并不能立刻赢得所有人的赞同，却避免了把总后的问题继续推向派性对立。

1975年，军队系统进行调整，多位大军区和总部领导干部发生职务变动，郭林祥也离开总后勤部，调任新疆军区工作。把这次调动简单理解为“因分歧被处理”，并不准确；当时军队领导班子整体调整范围很大，人员交流与重新安排具有全局性。

到新疆前，邓小平曾找郭林祥谈话，提到杨勇司令员欢迎他去共事。杨勇当时还兼任自治区党委方面的工作，军区日常事务需要有人负责，郭林祥由此承担了重要责任。两人合作时，杨勇对军区工作给予郭林祥充分信任，郭林祥则严格遵守组织程序，重大事项及时请示报告。

这种搭档关系延续到1977年7月杨勇调任副总参谋长。此后，郭林祥又与吴克华合作，后来调任南京军区第一政治委员，1985年任总政治部副主任，1990年退居二线。总后勤部那段时间，始终是他军旅生涯中一次特殊经历：时间不长，矛盾却集中；职务虽有变化，围绕组织原则和干部政策的坚持并未改变。