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AI找到一种肺药,吃4周“年轻”3岁

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一款原本用来治疗肺纤维化的药,患者吃了4周之后,“年轻”了3岁。

而这颗药从一开始就和AI绑在一起:先由AI判断肺纤维化到底该打哪个靶点,再由生成式AI把对应的药物分子设计出来。

故事离我们并不遥远。

做出它的英矽智能(Insilico)在香港设有主要办公地点,负责新药发现和研发的重要团队则长期扎在上海浦东张江。几年前AI从海量疾病数据里挑中了一个叫TNIK的靶点,如今这个判断已经被做成一颗真正的药,走到了临床后半程。



今年7月,英矽智能宣布,rentosertib正式进入III期临床,计划在47个中心招募约320名肺纤维化患者。

就在这颗肺药继续往上市终点推进的时候,研究人员又从此前IIa期留下来的血样里,翻出了一个出乎意料的信号。

42名患者,六套不同的“衰老时钟”,指向了同一个方向:

他们的血液,看起来更年轻了。

就这样,一颗AI参与找到的肺药,突然和“抗衰老”扯上了关系。

01

AI几年前挑中的靶点,走到了III期

一款药物在正式开始研究前,首先要找到一个值得干预的生物学对象。它可能是某个蛋白、受体,也可能是一条与疾病进程密切相关的信号通路。

这个对象,就是药物的“靶点”。

问题在于,人体里有成千上万个蛋白,疾病背后又牵扯大量基因、细胞和信号通路。过去寻找新靶点,要靠长期的基础研究,一层层积累证据,再慢慢判断哪个方向值得下注。

所谓先画靶再射箭,要是对靶点的判断出了问题,后面的药物研发保准走偏。

AI在找靶点这件事上,可以说是发挥了大作用。

它可以同时读取基因组、转录组、蛋白组、疾病数据库、论文和生物网络,从远超人力能够逐条处理的信息里,寻找哪些蛋白和疾病之间存在值得进一步验证的联系。

近年来,AI参与靶点发现已经成为AI制药的重要方向之一。药物研发领域的顶级综述期刊《自然评论:药物发现》(Nature Reviews Drug Discovery)今年甚至专门发表综述讨论AI参与靶点识别,认为它正在这一环节发挥越来越重要的作用,但也同时强调,一个靶点真正是否成立,最终仍要靠实验乃至临床验证。



在这一领域,BenevolentAI和阿斯利康很早就在慢性肾病、肺纤维化等方向上,用知识图谱和机器学习从复杂疾病数据里筛选新靶点;Recursion也一直在用大规模表型数据和机器学习寻找新的疾病机制,像它的REC-4881,背后的关键发现就是其平台识别出“抑制MEK1/2可能治疗家族性腺瘤性息肉病”,目前已经推进到II期。

AI帮人找到靶点不算新鲜,真正困难的是把研究推进下去。

算法挑出的靶点,要先经过实验验证;验证成立之后,还得有人围绕它设计出真正可用的分子,再经过毒理、动物实验、I期、II期,一路证明它不只是“理论上说得通”。

很多AI发现的靶点,都会在中间的某个环节卡住。

I期主要看安全性,II期开始看疗效信号和剂量;到了III期,往往要招募数百甚至数千名患者,在更接近真实临床的条件下和安慰剂或标准治疗比较。到了这一关,前面那些在几十个人身上显得“顺理成章”的答案,往往要被重新验证。看似明显的疗效可能被更大的样本稀释,小样本里没暴露的不良反应也可能第一次浮出来。

也正因为如此,III期通常也是药物上市前最关键、成本最高、失败代价最大的阶段之一。

英矽智能此次最值得关注的地方,就在于它把rentosertib推到了III期临床。公司称这是首个“AI发现新靶点+生成式AI设计新分子”进入关键性临床阶段的案例。



这条路线最早可以追到2019年前后。当时,英矽智能还在用DDR1(盘状结构域受体1)这样的已知靶点证明生成式AI“能不能把分子设计出来”。那年他们曾用AI在21天里为DDR1生成候选分子,并完成体内外验证,但那更像是一场能力演示,题目是人出的,AI只负责解题。

英矽智能并不满足于围绕已知靶点找分子,还要让他们的AI靶点发现平台PandaOmics直接从疾病数据里寻找新的治疗方向。特发性肺纤维化成为了其中一个试验场,而AI最终把TNIK(TRAF2和NCK相互作用激酶,一种参与细胞信号传导的蛋白激酶)推到了前面。

然后,2020年底,围绕TNIK设计出的候选分子被正式确定为临床前候选药,也就是已经从大量备选分子里筛出来、准备进入系统性动物实验和后续临床开发。

从启动靶点发现,到做出这颗候选药,只用了不到18个月。接下来,就轮到人体来回答这个答案到底靠不靠谱了。

2022年2月,这款后来被命名为rentosertib的药物进入I期临床;2023年7月,IIa期正式在中国启动,71名特发性肺纤维化患者接受12周治疗。

今年7月,这款药正式开启III期大规模临床验证。

不过,这并不是第一款由AI参与并走到III期的药物。

就在不到一个月前,Moderna和默沙东刚刚公布了一项更早接近终点的案例。

8月19日,两家公司宣布,个体化mRNA癌症疗法intismeran autogene(V940 / mRNA-4157)联合Keytruda,在黑色素瘤III期试验INTerpath-001中取得阳性结果。试验招募了1,137名已经通过手术完整切除、但仍有较高复发风险的IIB-IV期黑色素瘤患者,结果显示,联合疗法在无复发生存和无远处转移生存两个关键指标上,都优于单独使用Keytruda。Moderna称,这是个体化新抗原疗法第一次拿到III期阳性结果。



AI在这里扮演的角色也很具体:每名癌症患者的肿瘤里,都可能带着大量不同的突变,Moderna会对患者的肿瘤和血液进行测序,再让一套AI算法从这些突变中筛选出最多34个最可能激活免疫系统的“新抗原”,最后按照每个人不同的突变组合,定制一款mRNA疗法。

它和rentosertib不是同一种AI制药路线,前者面对的问题是“一个患者身上这么多突变,到底该挑哪些做成疫苗”,而后者则更类似于“一种疾病背后这么多蛋白和通路,到底哪个值得被开发成新药靶点”。

但两个项目放在一起,我们可以看到,AI参与给出的答案正在走出计算机和早期实验,进入真正决定药物命运的III期临床。

02

一款肺药,让血液“看起来年轻”了

就在rentosertib准备接受III期的大考时,研究人员从此前IIa期留下的血样里,翻出了一个出乎意料的信号:

42名患者,六套不同的“衰老时钟”,最后都捕捉到了向“更年轻”方向移动的信号。

其中最一致的是每天两次、每次30mg的剂量组,第4周时六套时钟中有五套都指向“更年轻”。而在每天一次60mg组里,四套按实际年龄训练的时钟给出的预测年龄下降约2.7到3.5年。



也就是说,前面提到的“吃4周年轻3岁”,并不完全是个比喻——至少从蛋白组学指标上看,“返老还童”确实可能发生。

这里的年轻,主要看的是血液里数千种蛋白的整体状态。

研究团队重新分析了IIa期临床留下的血样。最终有42名患者进入这次蛋白组学分析,他们在服药前,以及第2周、第4周和第12周都留下了血样。

研究人员一次测量了其中数千种蛋白,再把这些数据分别放进六套独立开发的“蛋白组学衰老时钟”里。

所谓衰老时钟,可以理解成一种年龄预测模型。随着人变老,血液里很多蛋白会呈现出相对稳定的变化规律。

有点像“看脸猜年龄”——不同年龄的人,皱纹、皮肤状态、面部结构往往会呈现出一些规律性的变化。模型见过足够多不同年龄人的数据后,就能根据这些特征,估算一个人大概看起来多少岁。

蛋白组学衰老时钟做的事情类似,只不过它看的不是脸,而是血液里成百上千种蛋白的组合。

所以研究人员真正问的其实是:在吃下rentosertib之后,这些患者的血液,在蛋白层面变得更像年轻人,还是更像老年人?

答案至少在第4周,非常一致地指向了前者。

说到这里就不得不提,这个问题其实并不是研究人员事后临时想到的。

一方面,特发性肺纤维化本身就是一种高度年龄相关的疾病,而TNIK当初之所以被英矽智能盯上,也不只是因为它和纤维化有关。早期分析里,TNIK还和多个典型衰老机制产生了联系。

另一方面,英矽智能长期就在做衰老和长寿研究,所以在IIa期临床时,研究团队就提前留下了连续血样,希望看看:一款原本用来治肺的药,会不会顺手碰到“抗衰”这件事。

有意思的是,这次发现的“年轻”信号和肺功能的改善并没有完全重合。

此前IIa期里,肺功能改善最明显的是每天一次60mg的剂量组;但衰老时钟变化最稳定的,却是每天两次30mg组。研究人员又把FVC,也就是用力肺活量的变化,和预测生物年龄变化放在一起比较,发现两者并没有很强的相关性。

这意味着,血液看起来更年轻,至少不能简单解释成“只是因为肺病好了一点”。

研究团队还把这些患者的蛋白变化,和英国生物样本库中5万多名老年人的自然衰老轨迹做了比较。在30mg每日两次组里,一部分蛋白的变化方向,确实和正常衰老相反。

一款原本用来治肺纤维化的药,就这样出现了一个完全不同的假设:

它改变的,会不会不只是肺?

03

“年轻3岁”,离真正的抗衰老还有多远?

前面说过,英矽智能长期就在做衰老和长寿研究。

这和创始人Alex Zhavoronkov脱不开干系,他本人就是这个领域里一个相当典型的“长寿主义者”。Zhavoronkov大约24岁时就离开IT行业,转头扎进衰老研究,理由非常简单——如果人类真想有一天走向更远的宇宙,我们自己首先得活得更久。

这条路,他已经走了二十多年。

在近年的表述里,他反复强调:人类已经可以进入太空、和机器交流、创造虚拟世界,但想让自己多活几年,依然十分困难。

面对这次“年轻3岁”的结果,Zhavoronkov显得相当克制。

在《华尔街日报》的采访中,Zhavoronkov直接给“AI很快让人类寿命翻倍”的说法泼了冷水。他认为,目前还没有任何药物经过严格的人体临床试验,被证明可以真正延长人类寿命。



不过,他同时表示,如果把目标从“寿命翻倍”降到“逆转一部分生物年龄”,他认为未来十年并非完全没有可能。

而这篇论文真正需要回答的问题也在这里:六套衰老时钟一起往回走,究竟说明了什么?

首先,样本很小。这次蛋白组学分析最终只有42名肺纤维化患者,分到四个组以后,每组只有大约9到11人。六套时钟虽然方向一致,但它们分析的仍然是同一批患者、同一套蛋白组数据。

六个模型得出相似答案,当然比只挑一个最好看的结果更有说服力,但它并不等于六次独立实验都复现了这个结果。

更关键的问题是,肺纤维化本身就会改变大量炎症、代谢和组织修复相关蛋白。

那研究人员看到的“年轻”,到底是药物真的触到了衰老的核心,还是只是疾病好转后,血液自然变得更接近健康年轻人的状态?这个问题也是论文同行评审时被追问得最狠的问题之一。

虽然作者已经拿出了一些证据,说明“变年轻”的信号和肺功能改善并不完全同步,但这并不足以排除另一种更普通的解释。毕竟,FVC只能反映肺功能的一部分,肺纤维化还会牵动炎症、代谢、组织修复等大量系统,而这些变化同样会反映在血液蛋白上。

论文最终也承认,现有数据还无法真正把“抗衰老效应”和“疾病改善带来的连带变化”彻底分开。

还有一个不那么漂亮、但很重要的细节:最明显的“变年轻”信号集中在第4周,但并没有随着继续服药一路往下走。

到了第12周,一些衰老时钟的效果有所减弱。同行评审时,审稿人也专门追问:如果药物真的在持续改变衰老过程,为什么最漂亮的结果反而出现在中间时间点?

所以,这项研究现在更适合被称作一个探索性的抗衰老信号,离"证明抗衰老有效"还差得远。

《纽约时报》采访的哈佛衰老研究专家Vadim Gladyshev也用了类似的尺度。他认为,这是一次很清楚的“预测生物年龄下降”信号,但同时强调样本很小、衰老时钟本身仍有局限,而且这款药至今没有在健康人身上验证过这种效果。



AI当然还没有找到长生不老药。

但这件事仍然给人留下了很大的想象空间。rentosertib最有意思的地方并不是它让一个数字暂时往回走了3年,而是它把几件原本相隔很远的事情串在了一起:

AI先从复杂的生物数据里提出一个靶点,生成式AI再围绕这个靶点设计出分子,药物进入人体以后,研究人员又开始反过来问:它除了治疗一种具体疾病,会不会还改变了某些更底层的衰老过程?

我们可以认为,AI正在把一些过去极难筛选、极难推进到人体验证的生物学猜想,更快地变成真正的药物实验。

至于这些实验里,会不会真的有一颗药,最后能把人的时钟往回拨——至少现在,这个问题不再那么遥不可及。

而对rentosertib来说,下一步其实很朴素:先看看III期,AI几年前挑中的那个靶点,到底能不能真的让更多肺纤维化患者变好。

先把这关过了,再谈“年轻3岁”背后究竟藏着什么,才会更有分量。

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