上市公司补税原因分析之一：政策理解有偏差，具体适用有错误

2026年以来，A股上市公司频频发布补税公告。比如，某上市公司称，因参股合伙企业不符合创业投资基金税收优惠条件，需要补缴企业所得税及滞纳金。另有分公司因再生资源行业税收政策调整，对其适用政策的理解存在偏差，导致2025年收入未及时申报，2026年经核准后，需要补缴增值税及附加等税费，缴纳滞纳金。笔者梳理上市公司补税公告后发现，不少发布补税公告的上市公司，都将“税收政策理解偏差”列为补税的重要原因之一。

对优惠政策适用条件理解不准确

单项税收优惠政策的适用条件通常较为具体，往往包含可量化的指标（如收入占比、研发人员比例、研发费用投入占比等）或明确的程序性要求（如资格认定、申报备案等）。然而，一些上市公司忽视了这些量化指标和程序要求，税务风险由此产生。

比如，A上市药企发布公告称，下属7家企业根据各自主管税务机关通知开展自查，需补缴前期所享受的西部大开发企业所得税优惠税款及滞纳金，共计3221.03万元。西部大开发税收优惠政策要求，企业主营业务应属于《西部地区鼓励类产业目录》规定的产业项目，主营业务收入占企业收入总额的比例须达到60%以上，且收入总额应按照企业所得税法第六条规定计算。

实践中，部分企业对该项政策中“收入总额”的理解有误，未将大额股权转让收入计入“收入总额”，而是单纯按照会计口径的投资收益计算收入，导致调整计算口径后，收入占比不达标，不符合优惠政策适用条件，面临补税风险。尤其是集团型企业在适用西部大开发税收优惠政策时，因其税务内控管理采用统一标准，企业多家子公司、孙公司很可能会同时出现同类问题。

2026年以来，多起补税公告与高新技术企业资格管理有关。如B上市公司工程子公司因部分业务不满足高新技术企业所得税优惠条件，需补缴2020年度—2024年度企业所得税约2.53亿元，缴纳滞纳金约1.5亿元。高新技术企业资格的认定和维持，需要企业知识产权、研发投入、科技人员比例、高新技术产品（服务）收入占比等指标持续达标。然而，不少企业认为，高新技术企业资格一经认定便可“高枕无忧”，对高新技术企业年度发展情况报表的填报、研发费用归集的规范性等日常合规事项重视不足，存在理解误区。

笔者提醒，上市公司如果在某个年度相关条件不达标，在接到认定机构取消其高新技术企业资格的通知后，将无法享受不达标年度已经享受的税收优惠，需要按照政策规定补缴税款及滞纳金。上市公司应建立内部核查制度，定期对照税收优惠政策认定标准开展自查，将高新技术企业资格维护从“年度动作”转化为“日常习惯”。

对不同税种政策关联及差异考量不够

同一经济事项，可能同时涉及多个税种的多项优惠政策，政策之间往往有所关联。某个政策适用资格或处理方式发生变化，可能会同步影响其他政策适用。比如，增值税加计抵减政策中的先进制造业企业资格与高新技术企业资格直接挂钩，C上市公司子公司高新技术企业资格被追溯取消后，此前享受增值税进项税额加计5%抵减的优惠政策也无法适用，需补缴税款及滞纳金合计约5.12亿元。

案例中，企业高新技术企业资格的丧失，同时引发了企业所得税和增值税的补缴义务。笔者提醒，企业若仅关注高新技术企业资格对企业所得税的影响，而忽视其与先进制造业企业增值税优惠政策的联动关系，就容易在统筹把握上出现偏差。

除此之外，企业还需要关注不同税种对同一事项的规定可能有差异。比如，根据现行政策规定，当企业取得的财政性资金有专门的资金拨付文件和资金管理办法，并单独进行核算，在企业所得税方面可以作为不征税收入处理。在增值税处理上，如果企业取得的财政补贴与销售货物、服务、无形资产、不动产的收入或者数量直接挂钩，则该补贴应按规定申报缴纳增值税。

比如，某市政府因个别航线运营亏损而给予D上市航空公司一定额度的补贴，补贴金额与航空公司提供运输服务的价格和数量无关，企业取得的此项收入不属于应税交易，不征收增值税。若该项补贴没有专门的资金管理办法，航空公司按需使用且不单独核算，则应确认为企业所得税应税收入。可以看到，两个税种关于“是否征税”的判断逻辑和判定标准各有侧重，企业如果忽略了这种差异，很可能造成申报错误，产生涉税风险。

复杂交易相关政策综合分析不足

上市公司在经营过程中发生资产划转、股权收购、跨境关联交易等复杂交易事项，往往会涉及多个纳税主体、多个涉税环节和多税种问题的研判。此时，税收政策适用并非简单的“条件对照”，企业需要综合考虑商业目的、交易性质、交易过程、交易路径等因素，进行系统性分析。企业一旦在交易定性或政策适用选择上出现偏差，将面临较高的涉税风险。

比如，E上市公司发布公告称，原子公司于2021年—2022年期间无偿划转探矿权，不符合特殊性税务处理条件，应按一般性税务处理补缴企业所得税及滞纳金7.38亿元。F集团公司发布公告称，因2020年实施混合所有制改革过程中存在少缴企业所得税行为，经自查需补缴企业所得税及滞纳金8.33亿元。上述案例中，企业补税均是由于对并购重组税收政策的综合研判不足所致。

上市公司的并购重组事项，一方面会涉及企业所得税的特殊性税务处理，企业需综合考虑交易是否同时满足合理商业目的、股权支付比例、经营连续、权益连续等多重条件。另一方面，企业可能涉及增值税、土地增值税、契税、印花税相关优惠政策适用，企业需要考虑各税种间的优惠政策适用是否存在矛盾冲突，并妥善做好安排。企业如果遇到一些暂时没有明确政策规定的个性化问题，还应主动寻求税务机关的帮助。否则，企业一旦出现政策理解偏差，可能会引发涉税风险，影响交易的正常推进。

版权说明

本文来源：中国税务报，作者：姜新录 王琳 李智 ， 作者单位：吉林财经大学中国大企业税收研究所、国家税务总局大连市税务局第三税务分局、长沙市税务局第三稽查局。关注【明税】订阅更多内容。