实验开展到无创尿液标志物筛选阶段会发现,样本前处理很容易成为拖慢课题进度的瓶颈。日常做尿液DNA提取主要会遇到两个问题。一是核酸浓度低,微量核酸易损失。有研究表明,尿液总核酸含量往往只有外周血的1%~10%,大部分试剂盒的核酸结合富集能力有限,很容易造成核酸损失。二是样本抑制物复杂。尿液中含有大量尿素、肌酐、无机盐以及蛋白降解产物,如果试剂盒去污纯化能力不足,残留杂质会直接干扰后续酶促反应,很容易出现PCR不出条带、测序数据异常等问题。为改善上述实验痛点,课题组对比测评了Qiagen和百代的尿液DNA提取试剂盒,下面和大家家谈谈我们的测评感受。
对比测试后发现,核酸捕获回收能力的差距在临床样本中会被进一步放大。之前试用的多款试剂盒DNA提取过程中都出现了提取失败、核酸回收率偏低的情况,使用这两款试剂盒进行尿液DNA提取时这种情况得到了很好的改善。同时,为了更好测试BIOG试剂盒的DNA富集能力,我们还专门选取了低浓度、存在轻微降解的临床样本进行实验,依旧获得了理想的核酸提取效果。
纯化去污能力,也是评估尿液DNA提取试剂盒性能的核心标准。临床尿液样本质量参差不齐,浑浊、深颜色、杂质多的样本十分常见,也是最容易造成实验失败的样本类型。测评中我们专门选取高杂质、深色的尿液样本进行实验,结果显示BIOG试剂盒提取得到的DNA纯度与Qiagen不相上下,有效去除了色素、脂质、蛋白碎片、过量无机盐等抑制物,产物也可直接用于PCR、qPCR等下游实验。
除了性能,性价比也是课题组测评时重点考量的因素。Qiagen试剂盒虽然性能可靠,但单样本成本居高不下,大批量检测会带来沉重的经费压力。而BIOG尿液DNA提取试剂盒在核酸回收率、纯度、重复性等方面都可以对标Qiagen试剂盒,满足无创标志物筛选、临床分子检测的实验要求,单样本成本仅约为Qiagen试剂盒的1/4,批量开展实验可以在不降低实验质量的前提下压缩耗材开支,非常适合高校课题组。
结合实验室前期的经验和本次测评结果,BIOG试剂盒切实解决了尿液DNA提取的三大痛点:微量核酸易损耗、杂质干扰严重、进口试剂成本昂贵。对于从事尿液分子机制研究、无创标志物筛选、临床分子检测的同行,该试剂盒的疑难样本兼容性好、实验数据稳定,非常适合列为实验室常备耗材。
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