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自然·通讯 | 南京大学杨荣等开发单细胞唾液酸化测序

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近日,免疫细胞表面糖链的动态重塑与细胞状态和免疫活性密切相关,现有单细胞糖基化方法多检测已存在的糖表位,难以直接解析新生唾液酸化过程。南京鼓楼医院杨荣、田甜、郭宏骞团队在《自然·通讯》发表了题为《GlycoStamp-seq: Single-cell nascent sialoglycometabolomics captures sialylation dynamics in immune cells of an oxaliplatin-treated bladder cancer mouse model》的研究,他们开发了GlycoStamp-seq,将Ac4ManNAz代谢糖工程、DBCO-ssDNA点击化学与单细胞RNA/TCR测序和scDyna-seq结合,在奥沙利铂治疗的膀胱癌小鼠模型中追踪新生唾液酸化动态。


研究团队合成DBCO-ssDNA,并用LC-MS确认偶联成功,他们比较AcManNAz、AcGalNAz和AcGlcNAz后,发现AcManNAz标记效率更高,50 μM处理3天对T24、A549和A549/DDP细胞数量影响较小,并且标记强度随浓度升高。DBCO-Cy5.5和Cy5-(dT)25流式检测显示,三种细胞系都能把新生唾液酸化转为DNA信号,测序也检测到对应读段。转录组相关性分析中,Ac4ManNAz标记组和对照组整体表达谱高度一致,Pearson R接近0.998。

在体内,他们用scDyna-seq评估标记对动态转录的影响,4sU标记的T-to-C转换率在两组间相近,基因检测数和线粒体基因比例也保持稳定,PCA和t-SNE聚类没有明显分离。奥沙利铂治疗的MB49膀胱癌模型中,CD45+免疫细胞的新生唾液酸化整体升高,T细胞比例增加,T细胞唾液酸化升高最明显,p=5.541e-08。研究团队注释了4672个细胞,得到T细胞、NK细胞、B细胞、中性粒细胞、树突状细胞和单核吞噬细胞等亚群。


他们按新生唾液酸化强度把CD8+ T细胞分为Gly.hi、Gly.mid和Gly.low,Gly.hi组富集CD8效应T细胞和增殖效应T细胞,TCR克隆扩增也更多,Tnfrsf9、Entpd1和Ifng与唾液酸化强度正相关,Sell、Lef1和Malat1呈负相关。CD8 Tpro_eff细胞在奥沙利铂治疗后唾液酸化显著升高,p<0.0004,并且高表达Ifng、Cd69、Tnf和Top2a、Mki67、Mcm3,低表达Pdcd1、Lag3、Havcr2。OT-1模型中,Gly.hi细胞对N4肽脉冲MB49和MB49-OVA的杀伤更强,分泌更多IFN-γ、TNF、CCL5和IL-10。过继转移后,Gly.hi T细胞带来更好的肿瘤控制和更长的生存期,p=0.0170,主要器官H&E和肝肾功能未见明显毒性。研究团队还重建了OXP TCR1,转入TCR敲除Jurkat细胞后,与MB49共培养可诱导CD69上调,MHC-I阻断会减弱该诱导。

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